Em fevereiro de 2016 o Ministério Público Estadual acionou o prefeito da cidade Fernando Haddad e alguns de secretários municipais  por "improbidade administrativa" na construção de uma ciclovia entre o Parque Ibirapuera (zona sul) e o Ceagesp, na zona oeste.  

Na argumentação, os procuradores questionaram a qualificação dos técnicos da Companhia de Engenharia de Tráfego (CET) para planejar e projetar o sistema cicloviário. assim como a qualidade das obras resultantes: “O fruto das condutas dolosas e manifestamente ilegais dos demandados é de conhecimento público e notório: a construção açodada de ciclovias, sem o planejamento e estudos prévios, técnicos e confiáveis; ausência de participação efetiva da sociedade civil organizada; execução de obras de péssima qualidade, onerando excessivamente os cofres públicos, prejudicando a circulação da cidade, colocando em risco as vidas de ciclistas e pedestres e obrigando o refazimento e a reforma precoce de serviços já executados", afirma o texto da ação.

Os procuradores que assinam a proposição, Marcelo Camargo Milani e Nelson Luís Sampaio de Andrade, basearam-se em matéria publicada há um ano (em fevereiro de 2015) pela revista Veja São Paulo, com dados questionáveis, que à época foram esclarecidos pela prefeitura. A mesma matéria da revista semanal já havia sido alvo de uma série de artigos de cicloativistas, entre eles o jornalista Du Dias, colaborador do Mobilize Brasil, em março de 2015.